緊急時に消防機関からドクターヘリ要請ホットラインにより、基地病院である宮崎大学医学部附属病院の救命救急センターに出動要請の電話連絡が入ります。
当番の医師がホットラインを受け、傷病者の情報を収集すると同時に、運航管理担当者と出動に必要な気象条件等を考慮して出動判断を行います。

ドクターヘリ運航スタッフ（操縦スタッフ及び医療スタッフ）は、出動要請があった場合、直ちに出動準備を開始します。

医療スタッフ(医師及び看護師)は、必要な医療機器を準備し、操縦士は目的地へのフライトに必要な情報を確認します。

ドクターヘリの出動要請から5分以内に基地病院を離陸し、救急現場へ出動します。
操縦士は運航管理室と連絡を取り、目的地情報及びランデブーポイント等の情報を確認します。
傷病者の情報は、目的地までの飛行中に消防無線で現場救急隊と交信し、傷病者の容態を確認します。
これらの情報を運航スタッフ間で共有し、着陸後、直ちに医療が開始される準備を整えます。

あらかじめ定められたランデブーポイントに着陸します。
医療スタッフは、現場救急隊の救急救命士等の協力を得ながら、直ちに医療を開始します。

搭乗医師の処置終了後、傷病者の容態や搬送時間、傷病者又は家族の希望等を考慮して、搬送先医療機関を決定し、ドクターヘリで搬送します。
※傷病者の搬送手段は、最終的には医師が決定し、ドクターヘリによる搬送を行わず救急隊の救急車等による搬送を行うこともあります。